在这种紧张氛下,2003年至2004年, 钟扬参与由中国科学院上海生命科学院赵国屏院士领导、国内外数+家单位加盟的SARS冠状病毒分子进化分析工作,对61个SARS病毒全基因组序列进行了系统发育分析。通过对流行病学所划分的SARS在中国爆发所经历不同阶段的同义置换与非同义置换比率进行分析,发现SARS冠状病毒在早期传播时存在不同选择样式。研究分析过程中,钟扬与他人合作发表论文"Molecular evolution of the SARS coronavirus during the sourse of the SARS epidemic in China”